GENCODE

De la Wikipedia, enciclopedia liberă
GENCODE
Autor inițialHarrow J, et al [1]
DezvoltatorInstitutul Sanger
Versiune inițială2012
LicențăOpen Access
Prezență online
www.gencodegenes.org

GENCODE este un proiect științific în cercetarea genomică, parte a ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements - Enciclopedia elementelor ADN)

Consorțiul GENCODE a avut ca scop inițial identificarea și maparea tuturor genelor indexate în proiectul ENCODE și care codează proteine (aproximativ 1% din genomul uman). [2] Datorită succesului inițial al proiectului, GENCODE are acum ca scop construirea unei "Enciclopedii de gene și versiuni ale acestora", prin identificarea caracteristicilor genelor în genomurile oamenilor și ale șoarecilor. Acest obiectiv poate fi atins prin analize de calcul, adnotări manuale sau validări experimentale.[1]

Rezultatul va consta într-o listă de adnotări care va include toți loci care codează proteine, dar și splicingul alternativ,[3], ADN-ul necodificant [4] pentru care există dovezi de transcriere și pseudogenele.[5]

Referințe[modificare | modificare sursă]

  1. ^ a b Harrow J, Frankish A, Gonzalez JM, Tapanari E, Diekhans M, Kokocinski F; et al. (). „GENCODE: the reference human genome annotation for The ENCODE Project”. Genome Res. 22 (9): 1760–74. doi:10.1101/gr.135350.111. PMC 3431492Accesibil gratuit. PMID 22955987. 
  2. ^ Harrow J, Denoeud F, Frankish A, Reymond A, Chen CK, Chrast J; et al. (). „GENCODE: producing a reference annotation for ENCODE”. Genome Biol. 7 Suppl 1: S4.1–9. doi:10.1186/gb-2006-7-s1-s4. PMC 1810553Accesibil gratuit. PMID 16925838. 
  3. ^ Frankish, A; Mudge, JM; Thomas, M; Harrow, J (). „The importance of identifying alternative splicing in vertebrate genome annotation”. Database : the journal of biological databases and curation. 2012: bas014. doi:10.1093/database/bas014. PMC 3308168Accesibil gratuit. PMID 22434846. 
  4. ^ Derrien, T (). „The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: analysis of their gene structure, evolution, and expression”. Genome Research. 22 (9): 1775–89. doi:10.1101/gr.132159.111. PMC 3431493Accesibil gratuit. PMID 22955988. 
  5. ^ Pei, B (). „The GENCODE pseudogene resource”. Genome Biology. 13 (9): R51. doi:10.1186/gb-2012-13-9-r51. PMC 3491395Accesibil gratuit. PMID 22951037. 

Legături externe[modificare | modificare sursă]