Klubas įkurtas 2014 m. birželio 10 d., kai susijungė Pafo AÉP ir AEK Kouklia FC klubai.[1] 2014–2015 m. sezone žaidė Antrame divizione ir iškovojo antrą vietą bei pateko į stipriausią šalies lygą. 2015–2016 m. debiutavo Pirmame divizione, tačiau liko dvylikti ir iškrito į žemesnė divizioną. 2016–2017 m. sezone žaidė Antrame divizione, kur iškovojo antrą vietą bei vėl pateko į stipriausią šalies lygą. Nuo 2017–2018 m. sezono rungtyniavo Pirmame divizione.
2024 m. rugpjūčio 1 d. atsakomosiose rungtynėse Kipre „Pafos“ po pratęsimo nugalėjo Lietuvos atstovus. Po pirmojo kėlinio rezultatu 1-0 pirmavo Kipro atstovai, tad buvo žaidžiamas pratęsimas.[6][7][8]Muamero Tanovičiaus įvartis buvo pirmasis šiame susitikime, o pratęsimo metu brazilas Anderson Silva pasižymėjo smūgiu per save. Galiausiai, kamuolį į vartus galva pasiuntė Vlad Dragomir.
2024–2025 m. sezone pirmą kartą klubo istorijoje tapo šalies čempionais.[9]